При испытании лодок типа X и во время тренировочных занятий, на которых имитировалось минирование настоящих целей, но только без использования взрывных зарядов, имели место несчастные и даже смертельные случаи. Эти случаи показали, что для того, чтобы свести потери до минимума и увеличить эффективность нового вида оружия, целесообразно включить в экипаж лодки еще одного человека, в обязанности которого входило бы только выполнение различных работ во время подхода к цели и в момент минирования. Четвертый член экипажа был назван "водолазом-подрывником", а вновь созданный тип лодки получил обозначение "ХЕ".
Строительство серии "XE" , предназначенных для действий на Тихом океане, было закончено в ноябре 1944 г. Их особенностями являлись наличие улучшенного навигационного комплекса, радио - и телефонной связи, кондиционирования воздуха и некоторые другие улучшения.
Первые два отсека по их насыщению и объему остались практически такими же, как и на лодках серий X(II) и X, за исключением установки на кормовой переборке второго отсека иллюминатора для наблюдения за членами экипажа, проходящими шлюзование.
В третьем отсеке размещался центральный пост управления лодкой. Для высвобождения объема внутри прочного корпуса некоторые контрольные и измерительные приборы были малогабаритными (авиационными). На подволоке отсека был установлен иллюминатор для визуального контроля момента прохода подводной лодки под днищем атакуемого корабля.
В четвертом отсеке размещались дизель, гребной электродвигатель, компрессор воздуха высокого давления, установка кондиционирования воздуха, баллоны с воздухом высокого давления, а в кормовом обтекателе прочного корпуса - дифферентная цистерна. В носовой оконечности располагались цистерна главного балласта N 1, буксирное и швартовное устройства. Проницаемая надстройка имела в поперечном сечении прямоугольную форму. Палуба была с небольшими скатами в носу и в корме. Для облегчения прохода через сетевые заграждения палуба лодки была гладкой, а все устройства выполнены заваливающимися и расположены по бортам надстройки.
В средней части подводной лодки по левому борту была установлена шахта РДП Устройство для работы дизелей под водой (шнорхель), заваливающаяся с помощью привода из прочного корпуса. Скорость хода в режиме РДП Устройство для работы дизелей под водой (шнорхель) составляла б узлов на глубине 2 метра.