Около 12.20, когда на лодке готовились к погружению, в носовой отсек начала потоком поступать вода. Находившийся на мостике командир отдал приказание задраить люки, но исполнить его не успели. R-12 затонула на глубине более 180 м, причем спасшиеся подводники (смытые с мостика командир, два офицера и три матроса) не могли сказать ничего определенного о причинах затопления отсека. Не смогла объяснить причины катастрофы и специальная следственная комиссия, в выводах которой предполагалось, что во время погружения случайно мог оказаться открытым торпедный аппарат.