Утром в среду, 8 апреля, к судну подошел катер с четверкой вооруженных пиратов - юношей возрастом примерно 17-19 лет. В соответствии с отработанным планом, 14 членов экипажа собрались в «безопасной комнате» - специально укрепленном помещении. Остальные начали пускать сигнальные ракеты, а находившиеся на мостике главный инженер Майк Перри и рулевой Мэтт Фишер, манипулируя штурвалом, попытались навалиться бортом на пиратский катер. Но, несмотря на это, захватчики смогли подняться на борт «Маерск Алабама». Тогда Перри и Фишер отключили управление силовой установкой и рулем с мостика и обесточили корабль. В итоге, хотя пираты и овладели судном, управлять им они не могли. В руках пиратов оказалось и несколько членов экипажа, включая капитана Ричарда Филлипса. Однако Майк Перри сумел скрыться. Отважный инженер, вооруженный лишь ножом, начал игру в кошки-мышки с главарем пиратов в темном машинном отделении. Как в типичном американском боевике, Перри сумел обезоружить и связать преступника. Затем он вступил в переговоры с остальными пиратами, пытаясь обменять их главаря на капитана Филлипса. Однако, опять в полном соответствии со «сценарием» боевика, пираты своих обещаний не выполнили - хотя их главарь был освобожден, Филлипс оставался в плену. Поняв, что установить контроль над судном не удастся, пираты спустили одну из спасательных шлюпок и, прихватив с собой капитана, попытались уйти.

Практически сразу же после нападения пиратов на выручку «Маерск Алабама» двинулся патрулировавший в Аденском заливе американский эсминец «Бэйнбридж». К судну он подошел утром 9 апреля.

Вскоре к эсминцу присоединился и фрегат «Хелибертон», а в небе кружил патрульный самолет Р-ЗС «Орион». Целью этой армады являлась маленькая спасательная шлюпка с четырьмя пиратами и одним заложником. Казалось, положение бандитов было безвыходное - но они не спешили сдаваться. «Соратники» пиратов двинулись выручать своих на четырех ранее захваченных торговых судах - они рассчитывали использовать находившихся на их бортах 54 моряка-заложника (граждан Китая, России, Германии, Тайваня, Индонезии, Филиппин и Тувалу) в качестве «живого щита». Американцы же пытались «не делать резких движений», чтобы не ставить под угрозу жизнь заложника. «Бейнбридж» и «Хелибертон» шли в нескольких сотнях метров за шлюпкой. Слежение за ней осуществлялось при помощи беспилотного летательного аппарата «Скан Игл» с «Бейнбриджа». С пиратами посредством радиостанции пытались общаться эксперты-переговорщики из ФБР. 10 апреля Филлипс попытался бежать, прыгнув в воду, но несколько выстрелов вынудили его вернуться. После этого пираты выбросили в океан аварийную радиостанцию со шлюпки, опасаясь, что Филлипс через нее получает какие-то указания (например, в виде кодовых слов), и связь с захватчиками прервалась. По спутниковому телефону они умудрялись даже раздавать интервью журналистам, заявив агентству «Рейтер», что-де чувствуют себя в безопасности, американцев не боятся, а в случае атаки будут защищаться.

В субботу, 11 апреля, вскоре после восхода солнца у одного из пиратов сдали нервы и он открыл огонь из автомата по «Хелибертону». Командир последнего решил «не нагнетать обстановку» и ответного огня не открыл. Да и собственно, автоматные пули не могли причинить вреда фрегату - для него они были все равно что для слона дробинка.

10 апреля в район нахождения американских кораблей и шлюпки с заложником прибыло несколько бойцов-снайперов спецназа ВМС (SEAL). Спецназовцы десантировались парашютным способом у борта «Хелибертона», а затем перешли на «Бейнбридж». 12 апреля, когда ситуация с заложником продолжала обостряться и возникли реальные опасения за жизнь Филлипса, командир «Бейнбриджа» - коммандер Кастеллано - решил, что пора действовать. Снайперы сработали четко - практически одновременно трое пиратов были убиты выстрелами в голову, после чего спецназовцы высадились на шлюпку. Там они обнаружили невредимого капитана Филлипса и четвертого пирата - 18-летнего Абдували Мусе, раненого еще при захвате «Маерск Алабама». Пирата доставили в США, где впоследствии приговорили к 33 годам и девяти месяцам тюремного заключения.